در جریان شکل گیری قدرت «سید» و یارانش در منطقه با توجه به دیدگاه های مذهبی جمعیت تازه شکل گرفته و همچنین وجود حوزه علمیه ای که با تعداد نسبتاً زیادی حساسیت های مذهبی خاصی را به وجود می آورده است و احتمالاً به خاطر تضاد بین تجار مسلمان و یهود در سطح منطقه و گرایش بازرگانان مسلمان به حذف رقیب دیرینه از صحنه اقتصادی «لارستان» و دیگر عوامل، زمینه های اخراج یهودیان از «لار» را که احتمالاً از سال 1316 ه. ق به مرور انجام گرفته، به وجود آورده است.

ظاهراً همین امر باعث گردید که یهودیان «لار» با همراهی حاکم شهر، هنگامی که «سید» و یارانش در اولین مسافرت پس از هجرت، به قصد زیارت خانه خدا از طریق بندر لنگه قصد بازگشت به «لار» را داشتند، طی شکایتی به «مظفرالدین شاه» خواهان اقدام نیروهای دولتی در جهت باز گرداندن «سید» شدند، با توافق دولت حاکم «لار» با نیروهای حامی خویش «سید» و همراهانش را باز گردانده به بندرعباس فرستادند. این عمل باعث واکنش شدید مردم «لارستان» و همچنین اهالی بندرلنگه گردید. روحانی سرشناس آن دیار «سید محمد بحرانی» به همراهی بازرگانان «لارستانی» طی تلگراف های متعدد، خواهان بازگشت «سید» گردیدند، فشار روانی و روحی ناشی از اعتراضات شدید مردم، دولت را واداشت که نسبت به بازگشت «سید» به لار اقدام نموده و او با تجلیل بسیار به میان مردم بازگشت. احتمالاً در این ایام سال 1316 ه. ق اولین اقدام جدی علیه یهودیان «لار» به عمل آمده و با فشار «سید» و یارانش و در جوی مسالمت آمیز، یهودیان وادار به تغییر مذهب و یا مهاجرت گردیده اند. اگرچه اخراج یهودیانو از «لار» در نوشته هایی که تاکنون برجای مانده، در طی یک سال و به یک باره ذکر گردیده است، اما بنا به شواهد تاریخی می توان گفت که اخارج یهودیان تا سال 1325 ه. ق ادامه داشته است. «حبیب لوی» اولین گزارش مهاجرت یهودیان «لار» را در سال 1322 ه. ق ضبط کرده است. او در این باره می گوید:

«در سال 1904/1322 ه.ق راپرتی از ریاست مدرسه شیراز حاکی از تجاوزات ، نسبت به یهودیان به خصوص در «لارستان» و تعدیات حاکم جهرم رسید.»

او ادامه مهاجرت یهودیان را تا سال 1325 ه. ق ضبط کرده است. با این ترتیب می تواند گفت که تخلیه منازل یهودیان به تدریج بین سال های 1316 تا 1325 ه. ق به درازا کشیده است. بر اساس یک سند که تنها بخشی از آن بر جای مانده است، استنباط می شود که «سید» مسلمانان را از مراوده اقتصادی و اجتماعی با یهودیان منع نموده و حتی استفاده آنها از آب انبارهای مسلمین را ممنوع کرده است. در بخشی از این سند آمده است:

«... هر کس که با آنها معامله نماید، اتلاف مال خود نموده و حرام و معاقب (جزا است) و حقی هم از آب انبار و برکه های مسلمانان به هیج وجه ندارند...»

عده ای از یهودیان نیز مسلمان شده و با عنوان طایفه «جدیدالاسلام» در «لار» باقی ماندند و بعضی از ایشان با این عمل ثروت و موقعیت خود را حفظ نمودند ، در جریان مهاجرت دیگر یهودیان «لار» خشونت و تعدی مالی نسبت به آنها به عمل نیامده و حتی خانه های ایشان نیز خریداری گشته است. «کنیسه» آنها به مسجد تبدیل گشته و تاکنون نیز برجاست عملیات ضد یهودی گری که در «لار» با اقدامات «سید» آغاز گردید طبیعتاً با حمایت شاگردان او به دیگر شهرهای فارس نیز سرایت نموده و یهودیان جهرم، داراب، فسا نیز مجبور به مهاجرت گردیدند «حبیب لوی» در این باره آورده است:

«از جهرم که در حال شورش علیه یهودیان هستند می نویسند: در شهر اخیر، «مشه سلیمان» و «نوالله بن شمعون» کشته شده و محله یهودیان غارت و بالاخره یهودیان، این شهر را نیز مانند «لار» تخلیه نموده و به شیراز رفته و عده ای هم به بیت المقدس مهاجرت نموده اند او می افزاید: در «داراب » هم «شیخ زکریا» رویه «سیدعبدالحسین» را در پیش گرفته است. «قوام » ، شیخ زکریا را مجبور به ترک داراب کرده و دو نفر از طرفداران او را اعدام نمود، به محص دور شدن «قوام»، «شیخ زکریا» به «داراب» مراجعت و انتقام «قوام» را از یهودیان گرفت.

اخراج تدریجی یهودیان از «لار» و حمایت علنی حاکم «لارستان» از ایشان باعث گردید که در دیدۀ مردم مذهبی و سنت گرا، عمل حاکم محلی امری ضد مذهبی تلقی گردیده و از مقبولیت ایشان بکاهد، این امر در حالی بود که «سید» و یارانش با موضع گیری اصولی خویش توانستند ضمن بیرون کردن یکی از اقشار قدرتمند «لارستان» از صحنه سیاسی – اقتصادی  که با موفقیت تمام به انجام رسید، اولین اقدام گسترده سیاسی خویش را به منصه ظهور رسانیده و با این عمل در واقع حضور رسمی خود را به عنوان جمعیت قدرتمند جدید اعلام نماید. حضوری که به دلیل ماهیت مذهبی آن با حمایت گسترده مردمی همراه بوده و توانست بعدها این همراهی را تا سر حد پیروزی بر طبقه حاکم سنتی کسب نماید.